Utworzona w 2012 roku Fundacja Innowacji Społecznej jest wyodrębnionym podmiotem, będącym operatorem działań Gdańskiej Fundacji Innowacji Społecznej w obszarze przedsiębiorczości społecznej.  Fundacja została powołana do wdrażania programów aktywizacji społeczno-zawodowej w tworzonych przez nią przedsiębiorstwach społecznych, w których osiągany zysk jest reinwestowany we wspieranie młodzieży znajdującej się w trudnej sytuacji życiowej. Tworzone i prowadzone przez FIS przedsiębiorstwa społeczne są pomostem wprowadzającym młodzież na rynek pracy.

FIS prowadzi przedsiębiorstwo społeczne – kawiarnię „Kuźnia” na gdańskiej Oruni. To miejsce pomaga w przygotowaniu i wprowadzaniu młodzieży na otwarty rynek pracy. Przygotowuje się do uruchomienia kolejnego przedsiębiorstwa w branży hotelarskiej – hotelu przy ul. Kartuskiej 18 w Gdańsku.